Hans-Josef Knaust hat sich mit den verschiedensten Stilepochen der Orgelmusik beschäftigt; dabei fand er besondere Neigung zur französischen Klassik und Romantik. Sein Repertoire umfasst die großen, zentralen Werke der Geschichte der Orgelmusik ebenso wie regionale europäische Spezialitäten und reicht von der Renaissance bis zur Gegenwart.

Frankreich

1. Renaissance bis Spätbarock: (Attaingnant, Titelouze, Racquet, Marchand, Couperin, Grigny u. a.)

2. Romantik: (César Franck (Gesamtwerk), Hauptwerke von Widor, Tournemire, Vierne)

3. Moderne: (Jéhan Alain (Gesamtwerk), Olivier Messiaen (Hauptwerke), Pierre Vidal).

Norddeutschland

Buxtehude (Hauptwerke), Bruhns (Hauptwerke), Lübeck (Hauptwerke), Böhm (Hauptwerke).

Süddeutschland

Buchner, Hofhaymer, Kerll, Froberger, Pachelbel, Muffat.

Italien

Attegnati, Merulo, Rossi, Frescobaldi, Fasolo, Pasquini u. a.

Johann Sebastian Bach

Alle großen Präludien und Fugen, alle großen Choralvorspiele, alle Triosonaten, Passacaglia u. a.

Deutsche Romantik

Alle Hauptwerke von Franz Liszt, alle großen Choralphantasien von Max Reger (auch fis-Moll-Variationen, Passacaglia e-Moll op. 127).

Moderne und Postmoderne

Werke von Hindemith, Distler, Copland, Ligeti.